Ramachandran-Plot
Ein Ramachandran-Plot (auch Ramachandran-Diagramm) ist ein Diagramm, das die statistische Verteilung von Kombinationen von jeweils zwei Diederwinkeln (φ und ψ) eines bestimmten Protein-Backbones darstellt. Es ist nach dem indischen Wissenschaftler G. N. Ramachandran benannt.
Mathematisch gesehen ist der Ramachandran-Plot also eine Darstellung einer Funktion $ f:\left[-\pi ,\pi \right[\times \left[-\pi ,\pi \right[\rightarrow \mathbb {R_{{}+{}}} $.
Ramachandran-Plots sind für jeweilige bestimmten Typen von Protein-Molekülen charakteristisch. Man kann anhand eines Ramachandran-Plots auch die Häufigkeit von α-Helices, β-Faltblättern und anderer Protein-Sekundärstrukturen im Molekül abschätzen.
Der Ramachandran-Plot ist ein wichtiges Modul in Computerprogrammen, die automatisch die Qualität von Strukturbestimmungen (Kristallstrukturanalysen, Kernspinresonanzspektroskopie usw.) bei Proteinen überprüfen, zum Beispiel in WHATIF,[1] PROCHECK[2] oder USF.[3] Alternativ kann ein Janin-Plot verwendet werden.
Literatur
- G. N. Ramachandran, C. Ramakrishnan und V. Sasisekharan (1963): Stereochemistry of polypeptide chain configurations. In: J. Mol. Biol. Bd. 7, S. 95–99, PMID 13990617.