In der Quantenchemie bezeichnet Überlappungsintegral das Skalarprodukt der quadratintegrablen Funktionen im Hilbertraum. Es ist ein Maß für die Überlappung zweier Wellenfunktionen (Orbitale, „Elektronenwolken“).
Die Elemente $ S_{\mu \nu } $ verhalten sich wie die Elemente einer hermiteschen Matrix S.